Carla Costa foi alvo de críticas por ter atuado no órgão no governo Bolsonaro e, mesmo assim, ter ganhado cargo na gestão Lula
Apenas dois dias depois de ter sido indicada para um cargo de confiança na Casa Civil do presidente Luiz Inácio Lula da Silva (PT), a ex-coordenadora da Fundação Nacional dos Povos Indígenas (Funai) do governo de Jair Bolsonaro (PL) foi exonerada do novo posto. Carla Fonseca de Aquino Costa foi coordenadora-geral de Licenciamento Ambiental da Diretoria de Promoção ao Desenvolvimento Sustentável da Funai durante o governo do ex-presidente.
Na quarta-feira (25), ela foi nomeada, em publicação no Diário Oficial da União (D.O.U.), para a diretoria de programa da Assessoria Especial da Secretaria Especial para o Programa de Parcerias de Investimentos da Casa Civil da Presidência da República.
A indicação para atuar no governo Lula foi alvo de críticas. Carla trabalhou com Marcelo Xavier, ex-presidente da Funai, que também foi criticado por ter feito demissões generalizadas e trocado o comando de coordenações de áreas da fundação. Xavier demitiu o indigenista Bruno Pereira, que era coordenador-geral de Índios Isolados e acabou assassinado em junho de 2022, ao lado do jornalista britânico Dom Phillips.
Em 2020, lideranças indígenas pediram a exoneração de Carla Costa da coordenadoria de licenciamento ambiental da Funai. A avaliação era que ela estaria atrasando a renovação de um programa ambiental aos indígenas. Carla também era acusada de acelerar o processo de licenciamento de reconstrução de rodovias que atravessam terras indígenas entre Porto Velho (RO) e Manaus (AM).
Ela é analista ambiental do Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (Ibama) desde 2011. Lá, foi chefe de Regularização Ambiental e Delegação de Competência entre 2017 e 2019. Ainda no Ibama, Carla foi coordenadora de Licenciamento Ambiental de Transportes. Entre 2018 e 2019, atuou como instrutora do Curso Básico de Licenciamento Ambiental na Escola Nacional de Administração Pública (Enap).